Марат Сайпулаев родился в 1970 году в Махачкале. В 2002 году он окончил Ростовский государственный университет по специальности «юриспруденция», а спустя два года поступил на службу в органы прокуратуры.

С сентября 2014 года работал в должности начальника отдела по обеспечению участия прокуроров в гражданском и арбитражном процессе прокуратуры республики.